La FEMECON se creó el 10 de noviembre de 1990 en una asamblea realizada en la ciudad de Lomas de Zamora. A las cinco entidades fundadoras (San Martín y Tres de Febrero, Morón Hurlingham e Ituzaingó, La Matanza, Lomas de Zamora y Almirante Brown) se fueron sumando otras cuatro entidades más.     A fines del año 1995 se incorporaron los Círculos Médicos de San Isidro y de Vicente López.     Durante el año 1996 se agregaron el Círculo Médico de Esteban Echeverría y la Agremiación Médica de Ezeiza. En mayo de 1996 la FEMECON constituyó junto a otras entidades médicas de la Provincia de Buenos Aires el FREMEBO (Frente Médico Bonaerense) integrando también por la Agremiación Médica Platense, el Centro Médico de Mar del Plata, el Círculo Médico de Tandil, el Círculo Médico de Trenque Lauquen, el Círculo Médico de Balcarce y el Círculo Médico de General Belgrano. El FREMEBO surge como un movimiento ético político que trabaja para garantizar el cumplimiento de los siguientes principios: La defensa del sistema solidario de seguridad social. La presencia del Estado como garante del sistema de salud. El respeto por los compromisos asumidos en cuanto a la asistencia de los beneficiarios y la remuneración digna de los profesionales bajo el principio de la libre elección. La unidad en el criterio de la ética gremial con descentralización regional en lo económico administrativo. A partir del momento de su creación el FREMEBO ha realizado reuniones periódicas alternando las entidades integrantes como sede de las mismas.     La FEMECON es integrante además del Frente Bonaerense de Prestadores de la Salud, junto a instituciones de distintas especialidades; del Foro Interinstitucional de Salud de la Provincia de Buenos Aires y del Foro Nacional de Entidades Médicas. Hace varios años está asociada a la O.I.S.S. (Organización Iberoamericana de Seguridad Social).